מרכז אלון נוסד בשנת 1991 בקיבוץ אלונים בזכותן של ארבע נשים המגיעות מקיבוץ אלונים אשר פעלו למען הקמת מסגרת שונה ומיוחדת המטפחת את כישורי הלמידה אצל ילדים ונוער המאובחנים כלקויי למידה.
מרכז אלון צבר כוח ובמהלך השנים גדל והתפתח. כיום מרכז אלון מונה כ-300 תלמידים לערך.
מרכז אלון פיתח שיטות הוראה מיוחדות המסייעות לתלמידים לממש את הפוטנציאל ולהגיע להישגים מכובדים הן בלימודים והן בחיי החברה.
סגל המורים כולל בתוכו מורים לחינוך מיוחד, פסיכולוגים ותרפיסטים באומנויות.
מרכז אלון ממוקם באזור ירוק הכולל חדרי טיפול וכיתות ומעניק מגוון שירותים כשהמטרה היא לקדם כמה שיותר את תלמידיו תוך שימת דגש על היחס האישי לכל אחד ואחד.